Музей історії КСГІ було засновано в другій половині ХХ ст. У 1967 р. з ініціативи ректора інституту, професора С. С. Сербiна старший викладач кафедри історії КПРС В. П. Ланевський на громадських засадах створив музей історії інституту. Він і став першим завідувачем музею.
У 1993 р. було проведено цілковиту реконструкцію музею і він набув сучасного вигляду.
Музей займає два зали в головному корпусі загальною площею 127,5 м?. У ньому зберігають понад 1000 експонатів. Це архівні документи, фотокопії документів, фотографії, особисті речі, газетні матеріали, підручники 30-х рр. минулого століття, монографії тощо.
Експозиція першого залу охоплює період 1919–1945 рр. — час від початку функціонування сільськогосподарського факультету КПДУУ та до закінчення Другої світової війни. В другому залі розташована експозиція, яка висвітлює історію університету з 1954 р. (відновлення Кам’янець-Подільського сільськогосподарського інституту) до нашого часу.
Серед експонатів музею, які викликають особливу увагу відвідувачів, — видані в 20-х рр. ХХ ст. підручники з буряківництва, хліборобства, інших напрямів аграрної науки, свідоцтва про закінчення інституту в 1920-х рр., старі фото й документи, друковані праці випускників вишу, радянський серійний комп’ютер «Електроніка МС-0401» (з’явився в навчальному закладі в 1986 р., виготовлений в Україні, на військовому заводі м. Борзна Чернігівської області) та його попередник — арифмометр.
Найбільш популярними є діючий міні-трактор, виготовлений у 1976 р. студентами факультету механізації сільського господарства під керівництвом доцентів М. М. Голотіна та В. К. Фаюстова, і олімпійський факел, переданий студентом зооінженерного факультету Валерієм Руснаком. Останній був одним із факелоносців під час Московської олімпіади 1980 р.
У залі також наявні стенди, які відображають історію окремих факультетів університету.
У різні часи музеєм історії університету завідували та доклали багато зусиль для його розбудови: В. Г. Романюк, О. С. Каденюк, Л. В. Романюк, А. О. Михайлик, М. І. Алєщенко, А. М. Боднар та ін.
На першому семінарському занятті з історії України студенти-першокурсники в музеї знайомляться з історією університету. Крім того, музей є науковою лабораторією з вивчення історії вишу.