Інститут створено у 2001 р. як НДІ економіки і менеджменту агропромислового виробництва на базі економічного факультету і факультету аграрного менеджменту. Першим директором інституту з дати його створення був д.е.н., проф. М. М. Ільчук, який керував структурним підрозділом із 2001 до 2005 р. У період з 2005 до 2011 р. інститут очолював д.е.н., проф., акад. НААН О. М. Шпичак. З 2011 р. і донині посаду директора НДІ економіки і менеджменту обіймає д.е.н., проф. М. П. Талавиря.

У 2014 р. НДІ економіки і менеджменту агропромислового виробництва було перейменовано на НДІ економіки і менеджменту. Інститут створено з метою вирішення низки проблем економіки, менеджменту і ефективності виробництва в аграрній сфері, забезпечення інтеграції навчальної, науково-дослідної та науково-інноваційної діяльності, ефективного поєднання розвитку науки і виробництва.

Структура інституту включає два факультети: економічний та аграрного менеджменту.

Основні напрями наукових досліджень:

– економічне зростання та розвиток біоекономіки в Україні;

– розроблення пропозиції щодо антикризового управління сільськогосподарськими підприємствами;

– економічний розвиток, інвестиційна політика в АПК та розроблення інноваційної моделі в Україні;

– розвиток підприємницької діяльності у сільській місцевості на кооперативних засадах;

– економічна стратегія АПК України: трансформація пріоритетів і механізмів їх реалізації;

– підвищення конкурентоспроможності аграрного сектору в умовах формування і функціонування ЗВТ і ЄС;

– створення аналітико-прогнозної системи управління стратегічним розвитком підприємств аграрної сфери;

– удосконалення методичного інструментарію маркетингової діяльності підприємств АПК;

– функціонування та розвиток продовольчих ринків, поступ підприємництва та організація агробізнесу в умовах поглиблення євроінтеграції, інноваційно-інвестиційна діяльність аграрних формувань;

– покращення фінансово-економічного механізму розвитку аграрного сектору економіки України;

– наукові засади ефективності господарювання в агропромисловому виробництві та природоохоронного сектору;

– трансформація бюджетної системи України;

– венчурне фінансування аграрних підприємств;

– обліково-контрольне забезпечення розвитку внутрішньогосподарських механізмів ефективного управління діяльністю суб’єктів господарювання;

– облік, оподаткування та контроль щодо активізації діяльності економічних суб’єктів;

– моделювання фінансової системи для сільського господарства.

Підготовку наукових кадрів вищої кваліфікації (аспірантів та докторантів) проводять за спеціальностями:

– 051 «Економіка»;

– 071 «Бухгалтерський облік та оподаткування»;

– 072 «Фінанси, банківська справа та страхування»;

– 073 «Менеджмент»;

– 075 «Маркетинг та міжнародна торгівля»;

– 076 «Підприємництво, торгівля та біржова діяльність».

Функціонують 2 спеціалізовані вчені ради із захисту дисертацій з економічних спеціальностей — Д 26.004.01 та Д 26.004.17.

НДІ економіки і менеджменту нагороджено золотою медаллю за вагомий внесок у розвиток аграрного сектору економіки.

Науково-дослідну роботу співробітники інституту проводять зі студентами-магістрами — дослідниками факультетів аграрного менеджменту і економічного.

Щорічно студенти економічного факультету, аграрного менеджменту, ННІ післядипломної освіти виступають із доповідями на засіданнях студентських наукових гуртків, беруть участь у роботі науково-практичних конференцій, проходять стажування та навчання у провідних університетах і підприємствах Західної Європи та США.