Народився 22 січня 1965 р. в м. Харкові в родині науковців. Після закінчення школи вирішив піти стопами батька, вченого-лісівника, і вступив на лісогосподарський факультет Української сільськогосподарської академії. Протягом 1982–1987 рр. навчався у цьому виші, здобувши кваліфікацію «інженер лісового господарства».

Знання, уміння та навички, сформовані ще у шкільні роки в наукових експедиціях з батьком, а потім — під час навчання в академії, сприяли успішній професійній діяльності. Викладачі альма-матер дали не лише міцні знання, але й навчили долати життєві труднощі, а студентські роки запам’яталися добрими спогадами.

Під час навчання в Українській сільськогосподарській академії брав активну участь у наукових дослідженнях у Карпатах. Практики, що проходили в різних природних зонах, зокрема на Камчатці, були дуже цікавими і корисними для набуття життєвого досвіду та подальшої праці.

Трудову діяльність В. П. Пастернак розпочав одразу після отримання вищої освіти в 1987 р. на посаді помічника лісничого в Харківському лісництві Жовтневого лісгоспу. Згодом вступив до аспірантури рідної академії, після закінчення якої захистив кандидатську дисертацію на тему «Регулювання продуктивності штучних смерічників Карпат» за спеціальністю 06.03.02 «Лісовпорядкування і лісова таксація».

Під час виробничої практики
на Камчатці, 1985 р.

З 1991 до 2017 р. працював на кафедрі лісівництва, меліорації та екології, кафедрі лісоуправління та лісоексплуатації (з 2000 р. — за сумісництвом) Харківського національного аграрного університету ім. В. В. Докучаєва, де пройшов шлях від асистента до завідувача кафедри. З 2000 р. був старшим, а потім — провідним науковим співробітником лабораторії моніторингу і сертифікації лісів Українського науково-дослідного інституту лісового господарства та агролісомеліорації ім. Г. М. Висоцького.

Вчене звання доцента Володимиру Петровичу присвоєно в 2000 р. Протягом 2006–2009 рр. навчався в докторантурі Національного університету біоресурсів і природокористування України (НУБіП України). Доктор сільськогосподарських наук з 2011 р. Дисертацію на тему «Біопродуктивність лісів північного сходу України в контексті змін клімату» за спеціальностями 06.03.02 «Лісовпорядкування і лісова таксація», 06.03.03 «Лісознавство і лісівництво» захистив у НУБіП України. Вчене звання професора йому присвоєно в 2015 р.

Основні напрями наукової діяльності В. П. Пастернака пов’язані з проблемами розвитку моніторингу лісів, вивченням вуглецевого циклу в лісах, оцінюванням поглинання лісами парникових газів, дослідженнями вразливості лісів при змінах клімату та їх адаптаційних можливостей, розробленням стратегій реагування лісового сектору на зміни клімату, проблемами сталого лісокористування та управління лісами. Був одним із виконавців науково-дослідних тем: «Розробити науково-методичні основи проведення інвентаризації та моніторингу лісів України на базі передових технологій», «Удосконалити методи інвентаризації та моніторингу лісів відповідно до вимог сталого ведення лісового господарства».

За час науково-педагогічної діяльності Володимир Петрович опублікував понад 100 наукових і навчально-методичних праць. Нагороджений Почесною грамотою Державного агентства лісових ресурсів України (2015), академік Лісівничої академії наук України (2017). Член редколегії наукових збірників «Лісівництво і агролісомеліорація» та «Вісника Харківського національного аграрного університету ім. В. В. Докучаєва» (серія «Ґрунтознавство, агрохімія, землеробство, лісове господарство, екологія ґрунтів»). Підтримує тісні зв’язки з альма-матер, є членом спеціалізованої вченої ради із захисту докторських дисертацій у Національному університеті біоресурсів і природокористування України.