Інститут створено у 2014 р. на базі проблемних науково-дослідних підрозділів (НДП) та навчально-науково-виробничих лабораторій (ННВЛ) факультету тваринництва та водних біоресурсів і факультету харчових технологій та управління якістю продукції АПК.
Історія структурного підрозділу пов’язана із заснуванням у 2001 р. на базі проблемних НДП та ННВЛ ННІ тваринництва та водних біоресурсів НДІ технологій та якості продукції тваринництва і рибництва. З 2001 р. інститут очолював д.с.-г.н., проф. А. М. Угнівенко, з 2008 р. — д.с.-г.н., проф., чл.-к. НААН М. О. Захаренко, з 2009 р. — д.с.-г.н., проф. І. В. Гончаренко. З 2011 р. інститутом керує к.с.-г.н., доц. І. П. Чумаченко.
До структури інституту належать: науково-технічна рада, ННВЛ: рибництва; технологій виробництва продукції бджільництва; біопродуктивності водойм та рибогосподарської екології; акваріумного рибництва; технологій виробництва продукції птахівництва; конярства; проблемні НДЛ: кормових добавок; генетики продуктивності тварин і стійкості до захворювань тварин і рослин; харчових добавок; функціональних харчових продуктів; альтернативних джерел кормових білків.
Наукові дослідження за напрямом тваринництва в університеті почав проводити М. П. Чирвинський (1848–1920), у працях якого висвітлено закономірності росту і розвитку с.-г. тварин. Пізніше сформувалися відомі вітчизняні наукові школи проф. П. Д. Пшеничного (принципи та методи спрямованого вирощування молодняку с.-г. тварин, раціонального використання кормових добавок та способів заготівлі кормів) — з 1953 р., проф. К. Б. Свєчина (індивідуальний розвиток с.-г. тварин та закономірності формування їх продуктивності в онтогенезі) — з 1956 р.; проф. М. А. Кравченка (розведення і селекція тварин) — з 1957 р.; проф. І. В. Смирнова (теоретичні основи та практичні прийоми кріозахисту і кріостійкості генеративних клітин плідників) — з 1967 р.; проф. М. М. Колесника (закономірності успадкування ознак продуктивності у тварин за системою рангів і генетичного балансу) — з 1965 р.; проф. Г. О. Богданова (розроблення теоретичних основ годівлі с.-г. тварин, технологія виробництва та використання кормів, мінеральне живлення тварин, екологія довкілля) — з 1957 р.; проф. М. І. Сахацького (розведення, селекція та відтворення тварин, фізіологія відтворення с.-г. птиці, кріобіологія) — з 1972 р.
У виконанні наукових досліджень беруть участь 70 науковців та технічних працівників факультету тваринництва та водних біоресурсів, серед яких 2 академіки НААН — І. І. Ібатуллін, М. І. Сахацький, 2 члени-кореспонденти — М. Ю. Євтушенко, С. Ю. Рубан, 13 докторів наук, професорів та 40 кандидатів наук.
За сприяння інституту на факультеті тваринництва та водних біоресурсів у 2016 р. відкрито справи щодо розширення ліцензії за спеціальністю 204 «Технології виробництва і переробки продукції тваринництва» та спеціальністю 207 «Водні біоресурси та аквакультура» наукового ступеня доктора філософії.
При факультеті тваринництва діє спеціалізована вчена рада Д 26.004.05 на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) наук за спеціальностями:
– 06.02.01 «Розведення та селекція тварин (сільськогосподарські науки)»;
– 06.02.02 «Годівля тварин і технологія кормів (сільськогосподарські науки)»;
– 06.02.04 «Технологія виробництва продуктів тваринництва (сільськогосподарські науки)».
На факультеті харчових технологій здійснюють підготовку здобувачів за спеціальностями 162 «Біотехнології та біоінженерія», 181 «Харчові технології». Діє спеціалізована вчена рада К 26.004.22 на здобуття наукового ступеня кандидата технічних наук за спеціальностями: 03.00.20 «Біотехнологія»; 05.18.12 «Процеси та обладнання харчових, мікробіологічних та фармацевтичних виробництв».
НДР студентів на факультеті тваринництва та водних біоресурсів, а також харчових технологій та управління якістю АПК здійснюється шляхом їхньої участі у виконанні наукових досліджень під керівництвом викладачів відповідних кафедр та роботі 21 студентського наукового гуртка.